1. 형태 학적 다양성 부족 : 다른 많은 유기체와 달리 박테리아는 비교적 제한된 형태 학적 변화를 나타냅니다. 많은 종들이 비슷한 모양 (Cocci, Bacilli, Spirilla)을 공유하여 시각적 식별을 신뢰할 수 없습니다.
2. 수평 유전자 전달 : 박테리아는 컨쥬 게이션, 형질 전환 및 형질 도입과 같은 메커니즘을 통해 유전자 물질을 쉽게 교환합니다. 이 수평 유전자 전달은 유전자가 관련이없는 종들 사이에서 전달 될 수 있기 때문에 트레이스 진화 관계를 복잡하게 만듭니다.
3. 높은 수준의 유전 적 다양성 : 박테리아는 매우 다양한 게놈을 가지고 있습니다. 밀접하게 관련된 종조차도 분류선을 흐리게하는 유전 적 차이가있을 수 있습니다.
4. 문화가 어렵다 : 많은 박테리아 종은 실험실에서 배양하기 어렵거나 불가능합니다. 이것은 그들의 특성과 관계를 연구하기가 어렵습니다.
5. 빠른 진화 : 박테리아는 특히 선택적 압력 하에서 빠르게 진화합니다. 이러한 빠른 진화는 새로운 종의 출현 또는 기존 종의 다각화로 이어지고 분류 노력을 복잡하게 만들 수 있습니다.
6. 화석 기록 부족 : 박테리아는 현미경이며 단단한 부분이 부족하여 의미있는 화석 기록을 얻기가 매우 어렵습니다. 이것은 그들의 진화 역사에 대한 우리의 이해를 제한합니다.
7. 분자 기술에 대한 의존 : 현대 박테리아 분류는 DNA 시퀀싱 및 리보솜 RNA 분석과 같은 분자 기술에 크게 의존합니다. 이것은 비싸고 시간이 많이 걸리기 때문에 광범위한 사용이 어려워집니다.
8. 분류 시스템 변경 : 박테리아에 대한 우리의 이해가 향상됨에 따라 분류 시스템은 지속적으로 발전하고 있습니다. 이것은 박테리아의 이름 지정 및 조직에서 혼란과 불일치로 이어질 수 있습니다.
9. 생태 학적 고려 사항 : 많은 박테리아 종은 그들의 환경에 고도로 전문화되어 있습니다. 이를 통해 전통적인 실험실 방법에 따라 분류하기가 어렵고 생태 학적 요인을 고려해야합니다.
10. 박테리아의 "암흑 물질": 대부분의 박테리아는 실험실에서 자랄 수 없습니다. 이것은 우리가 그들의 다양성과 관계에 대해 거의 알지 못하고 박테리아 세계의 상당 부분이 분류되지 않은 것을 의미합니다.
이러한 과제는 박테리아 분류의 복잡성을 강조하고 새로운 기술과 접근법의 지속적인 연구 개발의 필요성을 강조합니다.