1. 수평 유전자 전달 (HGT) :
* 그것이 무엇인지 : 수직 상속을 통해 직접 관련이없는 유기체 사이의 유전자 물질의 전이 (부모 대 자손). 박테리아와 고풍에서는 일반적이지만 진핵 생물에서도 발생할 수 있습니다.
* 방해 방법 : HGT는 종 경계를 가로 질러 유전자를 움직여 진화 역사의 선을 흐리게 할 수 있습니다. 이것은 실제 조상 계보보다는 전이 된 유전자에 기초한 밀접한 관계를 제안 할 수 있으므로 부정확 한 계통 발생 나무로 이어질 수 있습니다.
2. 유전자 복제 및 손실 :
* 그것이 무엇인지 : 복제 이벤트는 유전자의 여러 카피를 생성하고 손실 사건은 유전자를 제거합니다.
* 방해 방법 : 복제는 유전자의 여러 사본이 독립적으로 진화하여 잠재적으로 관계에 대한 잘못된 추론으로 이어질 수 있으므로 오해의 소지가있는 신호를 생성 할 수 있습니다. 한 계보에 존재하는 유전자가 다른 계통에 없으면 유전자 손실이 관계를 모호하게 할 수 있으며, 이는 발산에 대한 잘못된 인상을줍니다.
3. 재조합 :
* 그것이 무엇인지 : 성 생식 동안 염색체 사이의 유전자 물질의 교환.
* 방해 방법 : 재조합은 유전자 조합을 셔플하여 서열 사이의 복잡한 관계를 초래할 수있다. 이것은 특히 계통 발생 학적 분석을 복잡하게 할 수 있습니다. 특히 재조합 속도가 높은 짧은 서열 또는 영역을 분석 할 때.
4. 수렴 진화 :
* 그것이 무엇인지 : 관련이없는 유기체에서 유사한 특성의 독립적 인 진화.
* 방해 방법 : 수렴 진화는 순서대로 오해의 소지가있는 유사성을 만들 수있어 두 유기체가 그렇지 않은 경우 밀접하게 관련된 것처럼 보입니다. 이것은 강한 선택적 압력하에있는 서열을 분석 할 때 특히 문제가된다.
5. 불완전한 계보 분류 (ILS) :
* 그것이 무엇인지 : 종 분화 이벤트 후 종에서 조상 대립 유전자의 보유.
* 방해 방법 : IL은 진정한 진화 역사를 정확하게 반영하지 않는 계통 발생 나무로 이어질 수 있습니다. 상충되는 신호를 생성하여 조상과 파생 상태를 구별하기가 어렵습니다.
6. 긴 지점 어트랙션 (LBA) :
* 그것이 무엇인지 : 두 개의 빠르게 진화하는 계보가 다른 계보보다 더 많은 변화를 축적했기 때문에 단순히 함께 그룹화 될 때 발생할 수있는 계통 발생 학적 분석의 인공물.
* 방해 방법 : LBA는 특히 높은 대체율로 시퀀스를 분석 할 때 오해의 소지가있는 관계를 만들 수 있습니다.
7. 데이터 품질 및 샘플링 :
* 그것이 무엇인지 : 분류의 제한된 샘플링뿐만 아니라 시퀀싱 또는 정렬의 오류는 계통 발생 학적 분석의 정확도에 영향을 줄 수 있습니다.
* 방해 방법 : 데이터의 오류는 잘못된 관계로 이어질 수 있지만 불충분 한 샘플링은 트리를 정확하게 재구성하기가 어려울 수 있습니다.
8. 모델 선택 :
* 그것이 무엇인지 : 시퀀스 분석을위한 적절한 진화 모델을 선택하는 것은 정확성에 중요합니다.
* 방해 방법 : 부적절한 모델은 데이터를 생성 한 진화 과정을 정확하게 캡처하지 않을 수 있으므로 관계에 대한 잘못된 추론으로 이어질 수 있습니다.
이러한 도전을 극복 :
* 철저한 샘플링 : 분석에 다양한 분류군을 포함하십시오.
* 다중 데이터 소스 : 개별 유전자 바이어스의 영향을 줄이기 위해 여러 유전자 또는 게놈 영역을 사용하십시오.
* 정교한 분석 방법 : HGT, ILS 및 재조합과 같은 프로세스를 설명 할 수있는 방법을 사용하십시오.
* 모델 선택 : 데이터와 조사중인 진화 역사에 맞는 적절한 진화 모델을 신중하게 선택하십시오.
* 계통 발생 네트워크 : 더 복잡한 진화 관계를 나타낼 수 있으므로 나무 대신 계통 발생 네트워크를 사용하는 것을 고려하십시오.
이러한 과제를 알고 적절한 방법을 활용함으로써 과학자들은 혼란스러운 요인의 영향을 최소화하고보다 정확한 계통 발생 나무를 구성 할 수 있습니다.
