RNA SEQ와 마이크로 어레이의 차이

rna seq와 microarray는 transcriptome 를 분석하는 데 사용되는 두 가지 기술입니다 , 이것은 유기체의 총 mRNA입니다. 그들은 정의 된 세포 단계에서 형성된 RNA 분자의 유형을 결정할 수 있습니다.

주요 영역을 다루었습니다

1. RNA seq
- 정의, 프로세스, 중요성
2. Microarray
- 정의, 프로세스, 중요성
3. RNA SEQ와 Microarray 의 유사점은 무엇입니까?
- 공통 기능의 개요
4. RNA SEQ와 마이크로 어레이의 차이점은 무엇입니까
- 주요 차이점 비교

주요 용어

유전자 발현 분석, 혼성화, 마이크로 어레이, RNA SEQ, 시퀀싱

rna seq

rna seq (RNA 시퀀싱) 샘플에서 RNA 분자의 서열을 결정하는 기술이다. RNA SEQ는 cDNA 분자의 고 처리량 샷건 시퀀싱을 포함한다. CDNA는 RNA 분자의 역전사로부터 수득된다. 차세대 시퀀싱은 cDNA 서열의 결정을 포함한다. RNA SEQ는 RNA 서열 및 상대적 풍부의 결정을 허용합니다.

그림 1 :RNA SEQ 프로세스

rna seq는 광범위한 민감도를 가진 매우 신뢰할 수있는 기술입니다. 따라서, 희귀하고 낮은 풍부한 RNA 서열을 감지 할 수있다. RNA SEQ의 독특한 특징은 새로운 RNA 서열과 스 플라이 싱 변이체를 식별하는 능력입니다.

microarray

microarray는 특정 유기체의 유전자 발현을 분석하는 데 널리 사용되는 기술입니다. 그것은 샘플의 RNA 분자와 혼성화 된 정의 된 프로브를 사용합니다. 단일 가닥 프로브는 형광 표지 된 RNA 샘플이 하이브리드 화 된 칩으로 알려진 고체 표면에 부착된다. 게놈 시퀀싱 데이터는 프로브를 설계하는 데 사용될 수 있습니다.

그림 2 :마이크로 어레이 프로세스

빠르고 쉬운 실험의 경우, 마이크로 어레이는 유전자 발현 분석에서 가장 좋은 기술입니다. 그러나 프로브는 스 플라이 싱 변이를 감지하기 위해 그러한 방식으로 설계되어야합니다.

RNA seq와 microarray 사이의 유사성

• RNA SEQ 및 Microarray는 유전자 발현 분석에 사용되는 두 가지 기술입니다.
• 그들은 정의 된 시간에 샘플에 존재하는 RNA 분자의 유형을 감지 할 수 있습니다.
• 그들은 RNA 서열에 의존한다.
• 두 기술 모두 샘플에서 RNA의 1 차 서열과 상대적 풍부도를 결정할 수 있습니다.
• 두 기술 모두의 재현성이 높습니다.

RNA SEQ와 마이크로 어레이의 차이

정의

RNA SEQ는 샘플에서 RNA 서열을 감지하는 시퀀싱 기반 기술을 지칭하는 반면, 마이크로 어레이는 샘플 내에서 특정 RNA 서열의 존재를 감지하는 데 사용되는 혼성화 기반 기술을 나타냅니다.

rna seq는 시퀀싱 기반 기술이며 마이크로 어레이는 기존 프로브로 수행 된 하이브리드 화 기반 기술입니다.

새로운 서열 식별

RNA seq는 샘플에 존재하는 새로운 RNA 서열을 식별 할 수 있고 마이크로 어레이는 알려진 서열 만 식별 할 수 있습니다.

감도

RNA seq의 감도는 높고 마이크로 어레이의 감도는 비교적 낮습니다.

정확도

RNA SEQ 데이터의 정확도는 높고 마이크로 어레이 데이터의 정확도는 비교적 낮습니다.

SNP 감지

rna seq는 낮은 풍부 RNA에 대한 de novo snps를 제외하고 SNP를 식별 할 수 있지만 microarray는 snps를 감지 할 수 없습니다.

비용

RNA SEQ는 방법에 필요한 광범위한 생체 정보 분석으로 인해 비싸다 ($ 300- $ 1000/샘플) 마이크로 어레이는 저렴하지만 ($ 100-200/샘플).

결론

RNA SEQ는 전 사체에 존재하는 RNA 서열을 결정하는 데 사용되는 시퀀싱 기반 기술이며, 마이크로 어레이는 특정 프로브를 사용하여 전 사체에서 특정 서열의 존재를 감지합니다. 마이크로 어레이는 새로운 RNA 서열뿐만 아니라 덜 풍부한 RNA 서열을 검출 할 수 없다. 그러나, RNA SEQ에서, 샘플 내의 모든 RNA 서열을 식별 할 수있다. 따라서 RNA SEQ와 마이크로 어레이의 주요 차이점은 검출 유형입니다.

참조 :

1. Kukurba, Kimberly R. 및 Stephen B. Montgomery. "RNA 시퀀싱 및 분석." 콜드 스프링 하버 프로토콜 2015.11 (2015) :951–969. PMC. 편물. 2018 년 7 월 3 일, 여기에서 사용할 수 있습니다
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. "마이크로 어레이와 그 응용 프로그램." 약국 및 바이오 알리 과학 저널 4.suppl 2 (2012) :S310 – S312. PMC. 편물. 2018 년 7 월 3 일, 여기에서 사용할 수 있습니다

이미지 제공 :

1. Thomas Shafee의“RNA-seq의 요약”-Commons Wikimedia
2를 통한 자신의 작업 (4.0). Thomas Shafee의“RNA 마이크로 어레이 요약” - Commons Wikimedia를 통해 자신의 작업 (CC x 4.0)