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수치 시뮬레이션은 단백질 기능이 자연적으로 혼잡 한 환경의 영향을 어떻게 보여줍니다

단백질은 세포 내에서 분리되어 존재하지 않고 오히려 혼잡하고 역동적 인 환경에 존재합니다. 이 환경이 단백질 구조와 기능에 어떤 영향을 미치는지 이해하는 것은 생물 물리학의 근본적인 과제입니다. 여기, 우리는 광범위한 원자력 분자 역학 시뮬레이션 및 자유 에너지 계산을 사용하여 세포 내에서 자연적으로 혼잡 한 환경이 프로토 타입 단백질의 구조, 내부 역학 및 기능에 어떻게 영향을 미치는지 조사합니다. 이 압축은 증가 된 백본 및 측쇄 순서 매개 변수로 나타나고 내부 단백질 변동이 감소된다. 또한, 혼잡 한 환경 내에서 RNase H의 감소 된 역학은 형태 조경을 크게 바꾸어 다른 기능 하위 상태의 인구와 자유 에너지 차이에 영향을 미칩니다. 이러한 발견은 단백질 구조 및 역학에 대한 세포 크라우 딩의 영향에 대한 원자 주의적 통찰력을 제공하여 단백질 기능을 연구 할 때 세포 환경을 고려하는 것의 중요성을 강조합니다.
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