1. 핵 : 원생 동물은 진핵 생물이므로 DNA를 둘러싼 진정한 핵이 있습니다. 박테리아는 원핵 생물이며, 그들의 DNA는 막에 의해 둘러싸여 있지 않은 뉴 클레오이드 (nucleoid)라는 영역에 위치하고있다.
2. 소기관 : 원생 동물은 미토콘드리아, 골지 장치 및 소포체와 같은 다양한 막 결합 소기관을 가지고 있습니다. 이 소기관은 세포 내에서 특정 기능을 수행하는 책임이 있습니다. 박테리아에는 이러한 복잡한 소기관이 부족합니다.
몇 가지 예외가 있지만 (예를 들어, 일부 박테리아에는 소기관과 유사한 막-결합 구조가 있음) 일반적으로 핵 및 기타 막-결합 소기관의 존재는 프로테어티를 박테리아와 구별하는 특성을 정의하고 있습니다.