그러나 몇몇 그룹은 전통적인 분류 시스템에 도전을 제시합니다.
* 원핵 생물 : 박테리아와 고풍은 처음에 단일 왕국 Monera로 분류되었습니다. 그러나 다양한 다양성과 독특한 특성으로 인해 두 영역으로 분리되었습니다. 그들의 간단한 구조와 막 바운드 소기관의 부족으로 인해 전통적인 방법을 사용하여 분류하기가 어렵습니다.
* 바이러스 : 바이러스는 세포 구조 및 독립적 인 신진 대사와 같은 생명의 특성이 부족하기 때문에 살아있는 유기체로 간주되지 않습니다. 그것들은 살아있는 삶과 비 생존 사이의 국경에 존재하며 기존 왕국으로 분류 될 수 없습니다.
* 극단성 : 극한의 환경에서 번성하는 유기체 (온천, 고 산성 또는 알칼리성 환경)는 종종 전통적인 분류 시스템에 도전하는 고유 한 적응을 가지고 있습니다. 그들의 극단적 인 조건으로 인해 공부하고 분류하기가 어렵습니다.
* 하이브리드 : 다른 종의 교배로 인한 유기체는 분류 선을 흐리게 할 수 있습니다. 그들의 유전자 메이크업은 두 부모의 특성을 결합하여 엄격한 분류 학적 틀 안에 배치하기가 어렵습니다.
* 새로 발견 된 유기체 : 과학자들이 새로운 생명체를 계속 발견함에 따라 기존 분류 시스템에 깔끔하게 맞지 않을 수 있습니다. 독특한 특성을 가진 새로운 종의 발견은 기존 분류 체계의 재평가를 강요 할 수 있습니다.
궁극적으로 유기체의 분류는 진행중인 과정입니다. 생물학에 대한 우리의 이해가 확대됨에 따라 유기체를 분류하고 기존 시스템을 개선하는 새로운 방법을 발견 할 수 있습니다.