이유는 다음과 같습니다.
* 그람 양성 박테리아 세포벽에 두꺼운 펩티도 글리 칸 층이 있습니다. 이 층은 염색 과정에 사용 된 크리스탈 바이올렛 염료를 가두어 박테리아를 자주색으로 보이게합니다.
* 그람 음성 박테리아 더 얇은 펩티도 글리 칸 층과 외부 막을 갖습니다. 더 얇은 펩티도 글리 칸 층은 크리스탈 바이올렛 염료도 유지하지 않으므로 탈색 단계에서 씻겨진다. 그러나,이 박테리아는 카운터 스테인 (Safranin)을 가져 와서 분홍색으로 보이게 만듭니다.
따라서, 그램 염색 기술은 세포벽 구조, 특히 펩티도 글리 칸 층의 두께에 따라 박테리아를 구별한다.
