1. 막 바운드 소기관 : 진핵 생물 세포는 핵, 미토콘드리아, 소포체, 골지 장치 및 리소좀과 같은 다양한 막-결합 소기관을 갖는 복잡한 내부 구조를 갖는다. 이들 소기관은 세포 기능을 구획화하고보다 효율적이고 전문화 된 공정을 허용한다. 반면에 원핵 생물 세포는 이들 소기관이없고 그 기능은 원형질 막과 세포질에 의해 수행된다.
2. 진정한 핵 : 진핵 생물 세포는 핵 외피라고 불리는 이중 막으로 둘러싸인 잘 정의 된 핵을 갖는다. 핵은 세포의 유전 물질 인 DNA를 염색체 형태로 수용합니다. 원핵 생물 세포에는 진정한 핵이없고 그들의 DNA는 막에 의해 둘러싸여 있지 않은 뉴 클레오이드라고 불리는 영역에 위치합니다.