1. 에드먼 성능 저하 :
* 원리 : 이것은 폴리펩티드 사슬의 N- 말단으로부터 아미노산을 순차적으로 제거하고 식별하는 고전적인 방법이다.
* 과정 : N- 말단의 아미노산은 시약 (페닐 이소 티오 시아 네이트)으로 표지되어 절단되어 확인된다. 이 과정은 다음 아미노산 등을 나타 내기 위해 반복됩니다.
* 장점 : 짧은 시퀀스를 결정하는 데 매우 정확합니다.
* 한계 : 긴 서열 (일반적으로 ~ 50 아미노산으로 제한)에는 적합하지 않으며 변형 또는 비정상적인 아미노산에 의해 방해 될 수 있습니다.
2. 질량 분석법 (MS) :
* 원리 : MS는 질량 대 하전 비율 (M/Z)에 따라 이온을 분리합니다.
* 과정 :
* 펩티드 매핑 : 효소는 특정 효소 (예를 들어, 트립신)를 사용하여 더 작은 펩티드로 소화된다.
* 질량 분석 : 펩티드는 MS에 의해 분석되어 질량에 대한 정보를 제공합니다.
* 시퀀스 데이터베이스 검색 : 질량은 알려진 펩티드 서열의 데이터베이스와 비교하여 펩티드 및 그의 아미노산 서열을 확인한다.
* 장점 : 매우 민감하고 복잡한 혼합물을 처리 할 수 있으며 번역 후 변형에 대한 정보를 제공합니다.
* 한계 : 정확한 질량 측정 및 신뢰할 수있는 시퀀스 데이터베이스가 필요합니다.
3. DNA 시퀀싱 :
* 원리 : 이 방법은 효소를 암호화하는 유전자에서 뉴클레오티드의 서열을 결정한다.
* 과정 : 유전자는 다양한 기술 (예 :Sanger 시퀀싱, 차세대 시퀀싱)을 사용하여 분리 및 시퀀싱된다.
* 장점 : 돌연변이 또는 변이를 포함하여 유전자의 완전한 서열을 제공한다.
* 한계 : DNA에서 단백질로의 번역이 필요하기 때문에 단백질 서열을 직접 제공하지 않습니다.
4. 결합 방법 :
* 종종 이러한 방법의 조합은 기본 구조의 완전하고 정확한 결정에 사용됩니다.
예를 들어, Edman 분해는 N- 말단 서열을 확인하는 데 사용될 수있는 반면, MS 분석은 전체 펩티드 서열에 대한 정보를 제공합니다.
추가 고려 사항 :
* 번역 후 수정 : 1 차 구조는 번역 후 추가로 수정 될 수 있습니다. 이러한 변형 (예를 들어, 인산화, 글리코 실화)은 효소의 기능에 중요하며 종종 특정 기술을 사용하여 결정됩니다.
* 동위 원소 : 안정적인 동위 원소 표지는 효소에서 특정 아미노산의 기원 (예를 들어,식이 또는 대사 경로로부터)을 확인하는 데 사용될 수있다.
일차 구조를 결정하는 것은 효소의 기능을 이해하는 첫 번째 단계 일뿐입니다. 3D 구조 (3 차 구조) 및 다른 분자와의 상호 작용도 중요합니다.
