1. 기본 이해
* 제한 효소 : 이들은 "인식 부위"라는 특정 서열에서 DNA를 자르는 박테리아 효소이다.
* 인식 사이트 : 제한 효소가 인식하고 결합하는 짧은 서열의 DNA (일반적으로 4-8 염기 쌍).
* 컷 사이트 : 효소가 DNA를 절단하는 인식 서열 내의 특정 위치.
2. 식별 방법
* 데이터베이스 검색 :
* Rebase : 제한 효소의 가장 포괄적 인 데이터베이스 ([https://rebase.neb.com/]). 효소 이름, 인식 순서 또는 기타 기준으로 검색하십시오.
* New England Biolabs (NEB) : 인식 사이트, 버퍼 요구 사항 등을 포함하여 제한 효소 카탈로그에 대한 광범위한 정보를 제공합니다.
* Thermo Fisher Scientific : 포괄적 인 온라인 카탈로그가있는 또 다른 주요 공급 업체.
* 실험 결정 :
* DNA 시퀀싱 : 제한 부위를 포함하는 것으로 의심되는 영역의 정확한 DNA 서열을 결정하십시오.
* 제한 다이제스트 분석 : 알려진 제한 효소로 DNA를 소화하고 겔 전기 영동을 사용하여 생성 된 단편을 분석합니다. 조각의 크기와 수는 제한 사이트의 존재 및 위치를 나타낼 수 있습니다.
3. 제한 효소를 식별하기위한 주요 정보
* 인식 순서 : 효소가 인식하는 특정 DNA 서열 (예를 들어, 5'-GAATTC-3 ').
* 컷 사이트 : 효소가 절단되는 인식 서열 내 정확한 위치 (예를 들어, 위의 예에서 G와 A 사이).
* 절단 패턴 : 효소가 DNA를 자르는 방법 :
* 무딘 끝 : 돌출부없이 깨끗한 컷을 만듭니다.
* 끈적 끈적한 끝 : 보완 시퀀스와 쌍을 이룰 수있는 돌출부로 비틀 거리는 컷을 만듭니다.
* 버퍼 요구 사항 : 효소 활성에 필요한 최적의 pH, 염 농도 및 기타 조건.
4. 제한 효소 선택
* 대상 순서 : 절단하려는 특정 순서를 식별하십시오.
* 원하는 끝 : 응용 프로그램을 위해 무딘 또는 끈적 끈적한 끝이 필요한지 결정하십시오.
* 호환성 : 선택된 효소가 실험 조건 (완충제, 온도)과 호환되는지 확인하십시오.
예 :
서열 5'-ggatcc-3 '을 인식하고 끈적 끈적한 끝을 생성하는 제한 효소가 필요하다고 가정 해 봅시다. Rebase와 같은 데이터베이스를 검색하면 효소 Bamhi 가이 인식 순서를 가지고 G와 G 사이의 절단을 통해 끈적 끈적한 끝을 생성합니다.
중요한 참고 : 특정 제한 효소에 대한 자세한 정보는 제조업체가 제공 한 제품 정보 시트에 항상 참조하십시오.
