1. DNA 강수량과의 간섭 :
* 높은 점도 : 식물 세포는 전분 및 셀룰로오스와 같은 많은 다당류를 함유하며, 이는 세포 용 해물의 높은 점도에 기여한다. 이 점도는 DNA가 점도 매트릭스 내에 갇히기 때문에 용액에서 침전하기가 어렵습니다.
* 공동 설명 : 탄수화물은 알코올 침전 단계 동안 DNA를 공동으로 획득하여 높은 수준의 불순물을 갖는 오염 된 DNA 제제를 초래할 수있다.
2. 효소 반응의 억제 :
* 효소 활성 : 일부 탄수화물은 DNA와 같은 DNA 분리 프로토콜에 사용되는 효소의 활성을 억제 할 수 있습니다. 이로 인해 DNA 분해와 수율이 낮아질 수 있습니다.
3. 다운 스트림 응용 프로그램에 대한 합병증 :
* PCR 억제 : 높은 수준의 탄수화물은 PCR 반응을 억제하여 추가 분석을 위해 DNA를 증폭시키기가 어렵습니다.
* 시퀀싱 어려움 : 오염 된 탄수화물은 아티팩트를 생성하고 시퀀싱 데이터의 품질을 줄임으로써 DNA 시퀀싱을 방해 할 수 있습니다.
탄수화물의 영향을 극복하기위한 전략 :
* 기계적 혼란 : 균질화 또는 연삭 방법은 세포벽을 효과적으로 분해하고 점성 매트릭스로부터 DNA를 방출 할 수있다.
* 효소 소화 : 셀룰라아제 및 펙 티나 제와 같은 효소는 다당류를 분해하고 점도를 감소시키는 데 사용될 수 있습니다.
* 차등 원심 분리 : 상이한 속도로의 원심 분리는 크기와 밀도에 따라 탄수화물에서 DNA를 분리 할 수있다.
* 특수 버퍼 : 높은 염 농도를 함유하는 완충제는 DNA와의 탄수화물의 공동-자극을 최소화하는 데 도움이 될 수있다.
* 상업용 키트 : 식물 조직을 위해 특별히 설계된 몇몇 시판 된 DNA 분리 키트는 탄수화물의 효과를 최소화하기 위해 최적화 된 프로토콜 및 시약을 제공합니다.
이러한 전략을 사용함으로써, 연구자들은 풍부한 탄수화물에 의해 제기 된 도전에도 불구하고, 식물 세포에서 순수하고 고품질 DNA를 효과적으로 분리 할 수있다.
