* 미생물 : 여기에는 박테리아, 고풍 및 많은 유형의 곰팡이 및 원료가 포함됩니다. 이 유기체의 다양성과 빠른 진화는 분류가 어려워집니다. Metagenomics와 같은 새로운 기술은 관계에 빛을 비추고 있지만 여전히 많이 알려져 있지 않습니다.
* 멸종 유기체 : 화석의 경우, 분류 유기체는 종종 제한된 증거에 기초합니다. 완전한 골격의 부족, 연조직 보존 및 새로운 종의 지속적인 발견은 모두 불확실성에 기여합니다.
* 최근에 발견 된 유기체 : 특히 외딴 지역과 극한 환경에서 많은 새로운 종들이 발견되고 있습니다. 충분한 데이터를 수집하고 철저한 분석을 수행하여 생명 나무에 적절한 배치를 결정하는 데 시간이 걸립니다.
* 복잡한 수명주기를 가진 유기체 : 기생충이나 특정 무척추 동물과 같은 일부 유기체는 수명주기 동안 상당한 변형을 겪습니다. 이로 인해 관계를 이해하고 단일 단계를 기반으로 분류하기가 어려울 수 있습니다.
* 모호한 특성을 가진 유기체 : 때때로, 유기체는 전통적인 분류 사이의 경계를 흐리게하는 특징을 나타냅니다. 이것은 관련되지 않은 유기체가 유사한 특성을 진화 시키거나 그룹들 사이의 과도기 형태를 나타내는 수렴 진화로 인한 것일 수 있습니다.
불확실한 분류의 구체적인 예는 다음과 같습니다.
* 진핵 생물 세포의 기원 : Archaea와 진핵 생물의 관계는 여전히 논쟁의 여지가 있으며 진핵 생물 핵의 기원은 여전히 미스터리로 남아 있습니다.
* 특정 박테리아의 배치 : 새로운 유전자 정보가 이용 가능 해짐에 따라 박테리아의 분류는 지속적으로 수정되고 있습니다. 후보 Phylum "PVC"(Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae)와 같은 일부 그룹은 여전히 다른 박테리아와 불확실한 관계를 가지고 있습니다.
* 다른 곰팡이 그룹 간의 관계 : 곰팡이의 전통적인 분열은 Ascomycota와 Basidiomycota로 점점 더 단순한 것으로 보이고 있으며 Glomeromycota와 같은 새로운 그룹은 곰팡이 진화에 대한 우리의 이해에 도전하고 있습니다.
분류는 역동적 인 프로세스라는 것을 기억하는 것이 중요합니다. 새로운 정보가 수집되고 기술이 향상됨에 따라 유기체 간의 관계에 대한 우리의 이해는 계속 발전 할 것입니다.