1. 수평 유전자 전달 (HGT) : 이것은 하강을 통해 직접 관련이없는 유기체들 사이의 유전 물질의 전이를 말한다. HGT는 박테리아에서 일반적이며 설명하지 않으면 계통 발생 학적 관계를 크게 왜곡 할 수 있습니다. 종은 HGT로 인해 먼 친척에 더 가깝게 보일 수 있습니다.
2. 수렴 진화 : 비슷한 환경 압력으로 인해 비슷한 특성이 다른 계보에서 독립적으로 진화 할 수 있습니다. 생화학 적 유사성은 수렴 진화를 통해 발생하여 관련성에 대한 잘못된 가정을 초래할 수 있습니다. 예를 들어, 새와 박쥐의 날개는 매우 비슷하지만 독립적으로 진화했습니다.
3. 불완전한 계보 분류 : 종 분화 과정에서, 일부 유전자는 다른 계보에서 다른 정렬로 무작위로 분류하여 실제 종 나무와 다른 "나무"를 생성 할 수 있습니다. 이것은 유전자 나무와 종 나무, 특히 빠르게 진화하는 계보에서 불일치를 유발할 수 있습니다.
4. 분자 진화 속도 : 다른 유전자는 다른 속도로 진화합니다. 일부 유전자는 고도로 보존되고 다른 유전자는 빠르게 진화합니다. 빠르게 진화하는 유전자를 사용하여 진화 관계를 재구성하면 부정확성을 유발할 수 있습니다.이 유전자는 수렴 진화 또는 HGT에 더 쉽습니다.
5. 제한된 분류 샘플링 : 계통 발생 학적 분석은 연구에 포함 된 분류 (종)의 수에 의해 제한된다. 적은 수의 분류군은 그룹의 전체 다양성을 나타내지 않아서 부정확 한 추론을 초래할 수 있습니다.
6. 불완전한 데이터 : 생화학 적 서열의 누락 된 데이터는 알고리즘이 정보가 없을 때 관계를 유추하기 위해 노력하기 때문에 계통 발생 학적 분석의 정확도에 영향을 줄 수 있습니다.
이러한 한계를 극복하려면 생화학 적 증거를 다음과 같이 결합해야합니다.
* 화석 증거 : 과거 수명에 대한 직접적인 기록을 제공하고 분자 클록 속도를 보정하고 수렴 진화의 잠재적 인 경우를 식별하는 데 도움이 될 수 있습니다.
* 형태 학적 데이터 : 해부학 적 구조를 비교하면 동성애 (수렴 진화)와 상 동성 (공유 조상)을 구별하는 데 도움이 될 수 있습니다.
* 생물 지리학 정보 : 종의 지리적 분포는 분산 및 다각화 패턴에 대한 통찰력을 제공 할 수 있습니다.
* 생태 학적 데이터 : 종의 생태 학적 틈새와 적응을 이해하면 진화론 적 관계에 대한 단서가 제공 될 수 있습니다.
다양한 증거 소스를 통합함으로써, 우리는 진화 역사에 대한보다 강력한 이해를 구축하고 다양한 편견과 한계에 종속 될 수있는 생화학 적 데이터에만 의존하지 않을 수 있습니다.
