또한, 광학 현미경으로 볼 수 있도록 물체의 대비가 충분히 높아야합니다. 이것은 물체가 주변의 밝기 나 색상이 크게 달라야 함을 의미합니다. 많은 소기관은 미토콘드리아와 같이 그다지 대조적이지 않으며, 이는 종종 세포질과 색이 유사합니다.
마지막으로, 물체의 두께는 또한 광학 현미경으로 가시성에 영향을 줄 수 있습니다. 너무 두꺼운 물체는 너무 많은 빛을 흡수하거나 흩어 질 수있어보기가 어렵습니다. 많은 소기관은 소포체와 같은 매우 얇으며, 이는 몇 가지 두께가 불과 몇 개 밖에되지 않습니다.
이러한 모든 이유로 일부 소기관은 광학 현미경을 사용하여 명확하게 볼 수 없습니다. 그러나, 전자 현미경 및 형광 현미경과 같은 이들 소기관을 시각화하는 데 사용할 수있는 다른 기술이있다.