원핵 생물에 핵 외피의 부재는 전사 후 RNA를 변형시킴으로써 세포가 유전자 발현을 제어하는 ​​것을 방지하지 않는다. 원핵 생물은 RNA 편집, RNA 안정성 제어 및 번역 조절을 포함하여 RNA 수준에서 유전자 발현을 제어하기위한 몇 가지 메커니즘을 갖는다. 예를 들어, 리보 스위치는 RNA 분자의 구조를 변경하고 그 번역에 영향을 미쳐 소분자에 결합하고 유전자 발현을 제어 할 수있는 조절 RNA 서열이다. 또한, CRISPR-CAS 시스템은 RNA- 유도 뉴 클레아 제를 사용하여 RNA 분자를 편집하거나 절단하여 원핵 생물에서 유전자 발현을 제어하기위한 또 다른 메커니즘을 제공한다.