수소 이온 펌프는 ATP를 사용하여 막을 가로 질러 수소 이온을 운반하여 세포 공정을 유발하는 양성자 구배를 만듭니다. 이 펌프는 수소 이온의 움직임을 용이하게하는 단백질 채널을 포함합니다. 이 채널은 단백질의 내부를 정렬하고 수소 이온의 통과를위한 친수성 환경을 생성하는 몇몇 아미노산 잔기에 의해 형성된다. 이들 잔기는 수소 이온과 상호 작용할 수있는 기능적 그룹을 가지고있어 막을 가로 질러 운반 할 수있다. 채널의 구조는 수소 이온의 특이적이고 효율적인 수송을 보장하여 펌프가 양성자 구배를 유지하고 세포 기능을지지 할 수있게한다.