1. 기본 공식 (Wallace Rule) :
이 단순화 된 공식은 짧은 올리고 뉴클레오티드 (14-20 염기)의 좋은 출발점입니다.
TM =4 ° C (G + C) + 2 ° C (A + T)
* g + c : 구아닌 및 시토신 염기의 수
* a + t : 아데닌 및 흉선 기초의 수
2. 보다 정확한 방법 :
더 큰 정확도, 특히 더 긴 시퀀스의 경우 이러한 방법을 고려하십시오.
* 가장 가까운 이웃 방법 : 이 방법은 올리고 뉴클레오티드 내에서 가능한 각각의 디 뉴클레오티드 조합에 대해 사전 계산 된 열역학적 파라미터를 사용한다. 기본 스태킹 상호 작용을 고려하고 기본 공식보다 더 정교합니다. Oligocalc 또는 IDT의 oligoAnalyzer와 같은 온라인 도구 및 소프트웨어는이 계산에 쉽게 사용할 수 있습니다.
* 열역학적 알고리즘 : Primer3 또는 oligoanalyzer와 같은 프로그램에 사용 된 것과 같은 이러한 알고리즘은 더 복잡한 열역학적 모델을 사용하여 소금 농도, pH 및 올리고 뉴클레오티드 농도와 같은 다양한 요인을 설명합니다.
tm에 영향을 미치는 요인 :
* 베이스 구성 : G-C 결합은 A-T 결합보다 강하기 때문에 G-C 함량이 높은 서열에 대해 더 높은 TM 값을 초래한다.
* 길이 : 더 긴 올리고 뉴클레오티드는 일반적으로 더 많은 염기 쌍으로 인해 더 높은 TM 값을 갖는다.
* 소금 농도 : 염 농도 증가 (예를 들어, NaCl)는 DNA 이중성을 안정화시켜 TM이 더 높습니다.
* pH : 극도의 pH 값은 DNA 이중성을 불안정하게하고 TM을 낮출 수 있습니다.
* 불일치 : 올리고 뉴클레오티드 서열 내에서의 불일치는 TM을 낮추고있다.
* DNA 변형 : 메틸화와 같은 변형은 또한 TM에 영향을 줄 수 있습니다.
소프트웨어 및 온라인 도구 :
TM을 계산하기 위해 여러 온라인 도구 및 소프트웨어 패키지를 사용할 수 있습니다.
* oligocalc : [https://www.oligo.net/calc/ ](https://www.oligo.net/calc/)
* idt oligoanalyzer : [https://www.idtdna.com/calc/analyzer ](https://www.idtdna.com/calc/analyzer)
* primer3 : [https://primer3.
* Thermofisher Scientific TM 계산기 : [https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cloning/dna-cloning/tools-and-resources/tm-calculator.html] (https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cloning/dna-cloning/tools-and-resources/tm-calculator.html)
기억하십시오 :
* TM은 다양한 요인에 의해 영향을받을 수있는 이론적 가치입니다. 실험적 검증이 종종 필요합니다.
* 특정 적용 및 올리고 뉴클레오티드 길이를 기반으로 적합한 방법과 도구를 선택하십시오.
TM에 영향을 미치는 요인을 이해하고 적절한 계산 방법을 사용하여 올리고 뉴클레오티드의 용융 온도를 정확하게 예측하고 실험을 최적화 할 수 있습니다.
