저자 :
* 존 스미스
* Jane Doe
* 마이클 존스
제휴 :
* 캘리포니아 대학교 공장 생물학과, 데이비스
* 애리조나 대학교 생태학과 진화 생물학과
초록 :
침입 식물은 전 세계 자연 생태계에 큰 위협입니다. 그들은 물과 햇빛과 같은 자원에 대한 토종 식물을 발전시킬 수 있으며, 지역의 토양 화학과 수 문학을 바꿀 수도 있습니다. 이것은 토착 식물 공동체와 그들에게 의존하는 동물에게 치명적인 영향을 줄 수 있습니다.
침습적 인 식물이 성공할 수있게하는 주요 요인 중 하나는 새로운 환경에 적응하는 능력입니다. 이것은 종종 유전자 발현의 변화로 인한 것인데, 이는 성장 속도, 잎 크기 및 뿌리 구조와 같은 식물 특성의 변화를 초래할 수 있습니다.
침습적 식물이 새로운 환경에 어떻게 적응하는지 이해하려면 전 사체에 대한 자세한 이해가 필요합니다. 전 사체는 세포에 의해 생성되는 모든 RNA 분자의 수집이다. 전 사체를 연구함으로써, 우리는 발현되는 유전자와 다른 환경 조건에 대한 반응으로 그들의 발현이 어떻게 변화하는지 확인할 수있다.
이 연구에서, 우리는 유해한 잡초 _centaurea maculosa_의 전 사체를 조립했습니다. _기음. Maculosa_는 북아메리카에서 침습적으로 된 유럽과 아시아 출신입니다. 미국 서부의 토착 식물 공동체에 대한 주요 위협으로, 다른 식물을 배제하는 조밀 한 스탠드를 형성 할 수 있습니다.
우리는 RNA-seq와 de novo 어셈블리의 조합을 사용하여 _c에 대한 고품질 전 사체 어셈블리를 생성했습니다. maculosa_. 어셈블리에는 100,000 개가 넘는 전 사체가 포함되어 있으며, 이는 식물에 의해 발현되는 대부분의 유전자를 나타냅니다.
우리는 또한 _c 사이에 차별적으로 발현되는 유전자를 확인하기 위해 차등 유전자 발현 분석을 수행 하였다. 다른 환경에서 자란 Maculosa_ 식물. 우리는 일반적인 정원에서 자란 식물과 현장 환경에서 자랐던 식물들 사이에서 다수의 유전자가 차별적으로 발현된다는 것을 발견했다. 이 유전자는 다른 환경 조건에 대한 식물의 반응에 관여 할 가능성이 높습니다.
우리 가이 연구에서 생성 한 전 사체 어셈블리 및 차등 유전자 발현 분석은 _c를 연구하기위한 귀중한 새로운 자원을 제공합니다. Maculosa_ 및 기타 침습성 식물은 새로운 환경에 적응합니다. 이러한 자원은 침습성 식물이 성공하고 스프레드를 통제하기위한 새로운 전략을 개발할 수있는 메커니즘을 이해하는 데 도움이 될 것입니다.
키워드 :
* 전 사체 어셈블리
* 유전자 발현
* 침입 식물
* _centerea maculosa_
