이유는 다음과 같습니다.
* 그람 양성 박테리아 세포벽에 두꺼운 펩티도 글리 칸 층이 있습니다. 이 층은 염색 과정에서 크리스탈 바이올렛 염료를 가두어 요오드와 복합체를 형성합니다. 이 복합체는 크고 알코올로 제거하기가 어렵 기 때문에 박테리아가 자주색으로 남아 있습니다.
* 그람 음성 박테리아 더 얇은 펩티도 글리 칸 층과 리포 폴리 사카 라이드 (LPS)를 함유하는 외막을 갖는다. 염색 공정에 사용 된 알코올은 외부 막을 용해시키고 크리스탈 바이올렛-요오드 복합체를 세척하여 박테리아를 무색으로 남겨 둡니다. 그런 다음 카운터 스테인 (Safranin)을 흡수하여 분홍색으로 나타납니다.
따라서, 세포벽의 구조 및 조성의 차이는 그램 염색 결과의 주요 결정 요인이다.