1. 무성 유기체에 적용 할 수 없음 : 생물학적 종 개념은 종을 비옥 한 자손을 교배하고 생산할 수있는 유기체 그룹으로 정의합니다. 박테리아 및 일부 식물과 같은 무성 유기체는 짝짓기없이 재현 하므로이 개념은 적용되지 않습니다. 이 유기체에서 종 경계를 결정하려면 유전자 분석과 같은 다른 방법이 필요합니다.
2. 종에 적용하는 데 어려움 : 일부 종은 뚜렷한 종으로 간주 되더라도 비옥 한 자손을 낳고 생산할 수 있습니다. 이것은 식물에서 흔하며 일부 동물에서도 발생합니다. 예를 들어, 회색 늑대와 코요테는 교배 할 수 있으므로 이러한 경우 생물학적 종 개념을 적용하기가 어려워집니다. 이 모호성은 한 종이 끝나고 다른 종이 시작되는 위치에 대한 의견 불일치로 이어질 수 있습니다.