아미노산은 또한 기본 그룹 인 아미노기 (-NH2)를 함유한다. 아미노기는 수소 이온 (H+)을 수용 할 수 있으며, 이는 아미노산에 순 양전하를줍니다. 이 양전하는 아미노산에게 기본 특성을 부여합니다.
아미노산의 산성 그룹과 기본 그룹 사이의 균형은 전체 전하를 결정합니다. 중성 pH에서, 카르복실기는 아미노기보다 산성이기 때문에 대부분의 아미노산은 순 음전하를 갖는다. 그러나, 라이신 및 아르기닌과 같은 일부 아미노산은 산성 그룹보다 더 기본적인 그룹을 가지므로 중성 pH에서 순 양전하를 갖는다.
