Blast와 Fasta의 차이

주요 차이 - Blast vs Fasta

Blast and Fasta는 과도한 서열 유사성에 기초하여 상 동성 DNA 서열 및 단백질을 식별하는 두 가지 유사성 검색 프로그램이다. 두 DNA 또는 아미노산 서열 사이의 과도한 유사성은 공통 조상-호우학으로 인해 발생합니다. 가장 효과적인 유사성 검색은 DNA 서열보다는 단백질의 아미노산 서열을 비교하는 것이다. Blast와 Fasta는 두 시퀀스를 비교하고 서열 사이의 유사성에 대한 매우 정확한 통계적 추정을 제공하기 위해 스코어링 전략을 사용합니다. 주요 차이 Blast와 Fasta 사이에는 Blast가 대부분 부지런하고 국부적으로 최적의 서열 정렬을 찾는 데 관여한다는 것입니다 Fasta는 덜 유사한 시퀀스 사이의 유사성을 찾는 데 관여합니다.     

주요 영역을 다루었습니다

1. 폭발이란?
- 정의, 프로그램, 사용
2. Fasta는 무엇입니까
- 정의, 프로그램,
3. Blast와 Fasta의 유사점은 무엇입니까
- 일반적인 특징
4. Blast와 Fasta의 차이점은 무엇입니까
- 주요 차이의 비교

주요 용어 :Blast, Fasta, DNA, 뉴클레오티드, 단백질, 아미노산, 상 동성, 유사성, 기대 가치

what is what blast

Blast는 기본 로컬 정렬 검색 도구를 나타냅니다 . 이것은 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 웹 사이트에 쿼리 시퀀스와 서열 사이의 유사성을 검색합니다. 쿼리 서열의 추정 유전자는 증착 된 서열의 서열 상 동성에 기초하여 검출 될 수있다. Blast는 두 시퀀스 사이의 국소 유사성 영역을 빠르게 식별하는 능력으로 인해 생물 정보학 도구로 인기가 있습니다. Blast는 기대 값을 계산하여 두 시퀀스 사이의 일치 수를 추정합니다. 시퀀스의 로컬 정렬을 사용합니다. NCBI Blast 웹 인터페이스는 여기에서 찾을 수 있습니다.

그림 1 :NCBI Blast Web Interface

다른 폭발 검색

Fasta

Fasta는 DNA와 단백질의 서열 사이의 유사성을 검색하는 데 사용되는 또 다른 서열 정렬 도구입니다. 쿼리 시퀀스는 k- 튜플로 알려진 시퀀스 패턴 또는 단어로 분해되며,이 둘 사이의 유사성을 찾기 위해이 k- 튜플을 검색합니다. Fasta는 유사성 검색을위한 훌륭한 도구입니다. 시퀀스 유사성을 찾을 때 검색을 수행하는 가장 좋은 방법은 먼저 폭발 검색을 수행 한 다음 Fasta로 이동하는 것입니다. FASTA 파일 형식은 Blast와 같은 다른 순서 정렬 도구에서 입력 방법으로 널리 사용됩니다. EBI (European Bioinformatics Institute)에서 구할 수있는 Fasta의 웹 인터페이스는 여기에서 찾을 수 있습니다. 

그림 2 :Fasta 웹 인터페이스

Fasta 프로그램

Blast와 Fasta 간의 유사성

• Blast and Fasta는 DNA 및 단백질 서열을 기존 DNA 및 단백질 데이터베이스와 비교하기위한 시설을 제공하는 두 가지 서열 비교 ​​프로그램입니다.

• Blast와 Fasta는 모두 빠르고 정확한 생물 정보학 도구입니다.

• 둘 다 쌍별 시퀀스 정렬을 사용합니다.

Blast와 Fasta의 차이

정의

Blast : Blast는 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열과 같은 1 차 생물학적 서열 정보를 비교하기위한 알고리즘입니다.

Fasta : Fasta는 DNA 및 단백질 서열 정렬 소프트웨어 패키지입니다.

은

폭발 : Blast는 기본 로컬 정렬 검색 도구를 나타냅니다.

Fasta : Fasta는 "Fast-All"또는 "Fasta"에 부족합니다.

글로벌/로컬 정렬

폭발 : Blast는 로컬 서열 정렬을 사용합니다.

Fasta : FASTA는 먼저 로컬 시퀀스 정렬을 사용한 다음 유사성 검색을 글로벌 정렬로 확장합니다.

로컬 서열 정렬

폭발 : Blast는 두 서열의 개별 잔기를 비교하여 국소 정렬의 유사성을 검색합니다.

Fasta : Fasta는 시퀀스 패턴 또는 단어를 비교하여 국소 정렬의 유사성을 검색합니다.

검색 유형

폭발 : 폭발은 밀접하게 일치하거나 국부적으로 최적의 시퀀스에서 유사성 검색에 더 좋습니다.

Fasta : FASTA는 덜 유사한 시퀀스에서 유사성 검색에 더 좋습니다. 

작업 유형

폭발 : 폭발은 단백질 검색에 가장 적합합니다.

Fasta : Fasta는 뉴클레오티드 검색에 가장 적합합니다.

쿼리 시퀀스의 간격

폭발 : 폭발시 쿼리와 대상 시퀀스 사이의 간격은 허용되지 않습니다.

Fasta : Fasta에서는 간격이 허용됩니다.

감도

폭발 : Blast는 민감한 생물 정보학 도구입니다.

Fasta : Fasta는 폭발보다 더 민감합니다.

속도

폭발 : 폭발은 Fasta보다 더 빠릅니다.

Fasta : Fasta는 Blast와 비교할 때 덜 빠릅니다.

개발자

폭발 : Blast는 Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers 및 1990 년 National Institute of Health의 David J. Lipman이 설계했습니다.

Fasta : Fasta는 1985 년 David J. Lipman과 William R. Pearson에 의해 개발되었습니다.

의 중요성

폭발 : 현재 Blast는 유사성 검색을위한 가장 널리 사용되는 생물 정보학 도구입니다.

Fasta : Fasta의 유산은 FASTA 형식이며, 현재 생물 정보학에서 유비쿼터스입니다.

결론

Blast and Fasta는 DNA 또는 단백질 서열 사이의 유사성을 검색하기 위해 생물 정보학에 사용되는 두 쌍의 서열 정렬 도구입니다. 폭발은 뉴클레오티드 및 아미노산 서열의 국소 정렬에 가장 널리 사용되는 도구이다. FASTA는 시퀀스 패턴이나 단어를 사용하는 미세한 유사성 검색 도구입니다. 덜 유사한 시퀀스 사이의 유사성 검색에 가장 적합합니다. Blast와 Fasta의 주요 차이점은 각 도구에서 사용되는 유사성 검색 전략에 있습니다.

참조 :

1. Madden, Thomas. "폭발 시퀀스 분석 도구." NCBI 핸드북 [인터넷]. 제 2 판 U.S. 국립 의학 도서관, 2013 년 3 월 15 일. 웹. 2017 년 6 월 9 일.
2. "Fasta를 사용한 쌍별 시퀀스 정렬." Amrita Vishwa Vidyapeetham University. N.P., N.D. 편물. 여기에서 사용할 수 있습니다. 2017 년 6 월 9 일.

이미지 제공 :

1. 블래스트 공식 사이트
2.fasta 공식 사이트

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